国家军事机构改称国防部，三个军种部由内阁部降为国防部下属的部。1958年改组国防部，取消军种部长通过军种参谋长实行作战指挥的权力。改组后的国防部由三个系统组成：国防部长办公厅，负责计划、协调、行政管理；三个军种部，负责本军种的行政管理；参谋长联席会议，负责作战指挥。至此，形成了总统经国防部长并通过军种部长实行行政领导、经国防部长并通过参谋长联席会议实行作战指挥的体制，集中、统一的领导指挥得到加强。根据《国家安全法》，军官退出现役10年后方可担任国防部长。此后，仅在朝鲜战争期间破例任命退役不久的马歇尔将军为国防部长。国防部和军种部局长以上职务也由文职人员担任。这是为了保证民选的政治机构对军队有绝对的控制权，也造成多数国防部长在上任时缺乏履行职责所必需的军事知识等问题。

    其他西方国家和部分发展中国家在战后也仿照美国的模式设立国防部，在国防部内设立职责划分较明确的行政管理和作战指挥两个系统，普遍实行文职人员担任国防部主要职务的制度。绝大多数西方国家设立国防部后取消了原有的军种部。

    苏联在1946年初将国防人民委员部和海军人民委员部合并为武装力量部。1950年又分为军事部和海军部。1953年3 月两部再次合并为国防部。此后，国防部一直统一负责武装力量的行政管理和作战指挥。苏联国防部内设有八个总部和五个军种总司令部，但未明确区分行政管理和作战指挥系统。

    在八个总部中，总参谋部主要负责作战指挥，兼管部分行政事务，并协调其他各总部和军种的活动；总政治部代表苏共中央主管军队中苏共党组织的工作；其他总部分管行政和后勤事务。军种总司令部的作用各不相同，除负责本军种行政管理外，海军总司令部有作战指挥权，空军和防空军总司令部有部分作战指挥权，战略火箭军总司令部有具体指挥权，陆军总司令部无作战指挥权。包括国防部长在内的主要职务都由军职人员担任，个别非职业军人任国防部长后也授予军衔。因而包括军队行政管理在内的各项工作都由熟悉军事工作的专业人员负责。东欧各国国防部的设置与苏联类似。

    中国在1954年设立国防部，以国防部的名义公布中共中央军委的有关命令和指示，并从事对外交往工作。

    (3)总参谋部

    第二次世界大战以前，部分国家设有统一负责备军种作战指挥的总参谋部，部分国家没有统一的作战指挥机构。如：美国在陆、海军部长