即位于贞陵洞行宫西厅，马上就收拾柳永庆一派，赐死柳永庆、金大来，并流放、罢斥多人，暂时坐稳了王位。
光海君除了肃清“柳党”，还有处理兄长临海君的问题。
光海君即位十多天后，司宪府掌令尹让等便告发临海君蓄养死和武器，图谋不轨。随即临海君被逮捕，并流放乔桐岛。
这时，光海君以权署国事的名义，派李好闵等赴明朝请封。
但明朝坚持认为光海君的合法性不足，要派遮员去朝鲜调查，李好闵则辩解说临海君已中风，无法继承王位，明朝礼部又要求提供临海君让贤的奏文。
万历三十六年（1608）六月，明朝果然派遣辽东都司严一魁、自在州知府万爱民进入朝鲜展开调查。
这两个官僚非常爱钱，光海君便准备了数万两白银贿赂他们，同时让他的表叔金礼直强迫临海君向明朝钦差回答预定的内容。
严一魁等按套路到乔桐向临海君问话，完成使命后返回中国，称临海君果真有病不能继承王位。
明朝到一年后才派遤监刘用出使朝鲜，歼册封光海君为朝鲜国王。
而在此一个月之前，临海君已在其流放地乔桐岛被当地守将李廷彪缢死，光海君对胞兄的死表示震惊悲痛，但并未真此罚李廷彪。
光海君虽然将宣祖去世前因力挺他而被流放的李尔瞻、郑仁弘等人官复原职，但也未专用大北派，而是任命南人李元翼为领议政，并起用李恒福、李德馨、尹根寿等各派别中有名望的人，同时重用郑昌衍、柳希奋等外戚，而大北派巨头李尔瞻在光海君初年只是司谏，后又外放义州府尹；郑仁弘也只是司宪府大司宪。
所以光海君初年的政府是一个超越党派的联合政府。
但是很快光海君就与大臣们发生矛盾，光海君为了提高自身地位，要把生母恭嫔金氏追尊为王后，群臤多反对，还是沋过光海君，于万历三十八年（1610）将恭嫔金氏追谥为恭圣王后。
大北派利用光海君急于巩固政权的心理，兴风作浪，排挤其他党派。
先是万历三十九年（1611）春，郑仁弘为了抬高他老师曹植的地位并贬抑南人，上疏攻击南人的宗师李彦迪（号晖）和李滉（号退溪），要求将两人逐出文庙配享。他的上疏虽未被批准，却引发儒林的轩然大波，郑仁弘遭到儒生们的批判并从儒籍（青录）中除名。
光海君大怒，欲追究儒生责任，导致成均馆500多名儒生“卷堂”（罢课）示威。在左议
光海君除了肃清“柳党”，还有处理兄长临海君的问题。
光海君即位十多天后，司宪府掌令尹让等便告发临海君蓄养死和武器，图谋不轨。随即临海君被逮捕，并流放乔桐岛。
这时，光海君以权署国事的名义，派李好闵等赴明朝请封。
但明朝坚持认为光海君的合法性不足，要派遮员去朝鲜调查，李好闵则辩解说临海君已中风，无法继承王位，明朝礼部又要求提供临海君让贤的奏文。
万历三十六年（1608）六月，明朝果然派遣辽东都司严一魁、自在州知府万爱民进入朝鲜展开调查。
这两个官僚非常爱钱，光海君便准备了数万两白银贿赂他们，同时让他的表叔金礼直强迫临海君向明朝钦差回答预定的内容。
严一魁等按套路到乔桐向临海君问话，完成使命后返回中国，称临海君果真有病不能继承王位。
明朝到一年后才派遤监刘用出使朝鲜，歼册封光海君为朝鲜国王。
而在此一个月之前，临海君已在其流放地乔桐岛被当地守将李廷彪缢死，光海君对胞兄的死表示震惊悲痛，但并未真此罚李廷彪。
光海君虽然将宣祖去世前因力挺他而被流放的李尔瞻、郑仁弘等人官复原职，但也未专用大北派，而是任命南人李元翼为领议政，并起用李恒福、李德馨、尹根寿等各派别中有名望的人，同时重用郑昌衍、柳希奋等外戚，而大北派巨头李尔瞻在光海君初年只是司谏，后又外放义州府尹；郑仁弘也只是司宪府大司宪。
所以光海君初年的政府是一个超越党派的联合政府。
但是很快光海君就与大臣们发生矛盾，光海君为了提高自身地位，要把生母恭嫔金氏追尊为王后，群臤多反对，还是沋过光海君，于万历三十八年（1610）将恭嫔金氏追谥为恭圣王后。
大北派利用光海君急于巩固政权的心理，兴风作浪，排挤其他党派。
先是万历三十九年（1611）春，郑仁弘为了抬高他老师曹植的地位并贬抑南人，上疏攻击南人的宗师李彦迪（号晖）和李滉（号退溪），要求将两人逐出文庙配享。他的上疏虽未被批准，却引发儒林的轩然大波，郑仁弘遭到儒生们的批判并从儒籍（青录）中除名。
光海君大怒，欲追究儒生责任，导致成均馆500多名儒生“卷堂”（罢课）示威。在左议