“幕府设立军政司、军令司、军学司等部，其中，军政司之设，其司设立，凡军队调动作战，皆以该司发布为准，若有违反者，皆以谋逆论处。”
军政司下属：
考功科——掌管新练军营文武员弁升隆、调补、差委、定俸、核奖、纪勋、拟赏银两、功牌暨各项册籍等事。
搜讨科——统辖所属各股掌管各省官兵总数暨军训、典礼、征募等事。
制度股——分管编拟军制，考订军规、军仪、军礼、军服，遇有军事筹计应增官弁所需战备各件，核定名色数目，移知军需拨发，并行军应行雇凭民间车马房屋等事。凡学堂与本司关涉事件，亦归本股经理。
步队股——分管各省军队步队数目暨关涉步队一切事务，并会议事件遇有战备筹计征募步队数目，事后分别遣散归入续备，兼管军乐队事务。
炮队股——分管各省炮队数目暨关涉会议征募分遣等事。
马队股——分管各省马队数目暨关涉会议，征募分遣等事，平时考查马匹，临事筹计挑选，或租赁民马，核定喂养卫生各法，兼管辎重队事务。
工队股——分管各省工队数目暨关涉会议征募分遣等事。
粮饷科——统辖所属各股，掌管会计出入，筹备军饷、军需、建造等事。
支发股——分管核放各军薪饷，似定发饷章程，预计来年应支饷项总数，预储战备用款，复核各饷局报销兼管会计学堂等事。
军需股——分管筹备粮草暨核发官兵服用衣履各项杂件。
建造股——分管各军驻扎应用地址，考查建造营垒房舍，核发营队应用帐篷暨杂项器具等事。
医务科——掌管拟定各军医学堂、卫生防疫、疗病治伤各办法暨升隆医官、选调兽医、筹备药料，凡关涉医务各事，随由本科随时考查。
军法科——掌管拟定军律，考查各军执法处审办案件并军狱办法，记过注册等事。
器械科——掌管考查得处制造局筹备军械等事。
军令司的职能更是明确，其司下辖运筹科、测绘科、向导科、储材诸科。开设讲武堂，培养军官。抽选各军有材有素之士担任参谋赞画。有鉴于大明内忧外患之局，运筹科再分数处，分别研习对战东奴，海贼，流寇，山匪诸贼方略。
运筹科——掌管筹备设防，参赞方略，遇有战备，筹计分配军队，救国调官弁兵丁暨各处各国紧要探报，并拟办维和各文牍等事。
向导科——掌管陆路
军政司下属：
考功科——掌管新练军营文武员弁升隆、调补、差委、定俸、核奖、纪勋、拟赏银两、功牌暨各项册籍等事。
搜讨科——统辖所属各股掌管各省官兵总数暨军训、典礼、征募等事。
制度股——分管编拟军制，考订军规、军仪、军礼、军服，遇有军事筹计应增官弁所需战备各件，核定名色数目，移知军需拨发，并行军应行雇凭民间车马房屋等事。凡学堂与本司关涉事件，亦归本股经理。
步队股——分管各省军队步队数目暨关涉步队一切事务，并会议事件遇有战备筹计征募步队数目，事后分别遣散归入续备，兼管军乐队事务。
炮队股——分管各省炮队数目暨关涉会议征募分遣等事。
马队股——分管各省马队数目暨关涉会议，征募分遣等事，平时考查马匹，临事筹计挑选，或租赁民马，核定喂养卫生各法，兼管辎重队事务。
工队股——分管各省工队数目暨关涉会议征募分遣等事。
粮饷科——统辖所属各股，掌管会计出入，筹备军饷、军需、建造等事。
支发股——分管核放各军薪饷，似定发饷章程，预计来年应支饷项总数，预储战备用款，复核各饷局报销兼管会计学堂等事。
军需股——分管筹备粮草暨核发官兵服用衣履各项杂件。
建造股——分管各军驻扎应用地址，考查建造营垒房舍，核发营队应用帐篷暨杂项器具等事。
医务科——掌管拟定各军医学堂、卫生防疫、疗病治伤各办法暨升隆医官、选调兽医、筹备药料，凡关涉医务各事，随由本科随时考查。
军法科——掌管拟定军律，考查各军执法处审办案件并军狱办法，记过注册等事。
器械科——掌管考查得处制造局筹备军械等事。
军令司的职能更是明确，其司下辖运筹科、测绘科、向导科、储材诸科。开设讲武堂，培养军官。抽选各军有材有素之士担任参谋赞画。有鉴于大明内忧外患之局，运筹科再分数处，分别研习对战东奴，海贼，流寇，山匪诸贼方略。
运筹科——掌管筹备设防，参赞方略，遇有战备，筹计分配军队，救国调官弁兵丁暨各处各国紧要探报，并拟办维和各文牍等事。
向导科——掌管陆路