留他在幕府作幕僚。余玠才干出众，很快因“明敏干炼”擢升为作监主簿。
端平三年（1236年），即蒙古军攻入四川腹心之地的这一年，余玠离开军中，回家乡奔丧守制，蕲州亦受到了蒙古人的进攻。余玠应地方官之召参加守城，以“弩火药箭”和“弓火药箭”等新式武器大败蒙古军。由于军功显赫，被迅疾起复，进官淮东制置司参议。未几，再进工部郎官。
蒙古军在南下反复受阻后，终于意识到水军的重要，亦在开封一带大造战船，训练水军。余玠率领一支精干水军潜入敌后，一举烧毁了蒙古军的造船设备，如此有勇有谋之举，令其名声大噪，迅疾升为淮东制置副使。
淳祐元年（1241年），余玠奉诏入觐，慷慨道：“事无大小，须是务实。”向宋理宗面陈“固本强边”二策：一是革除虚妄空谈之习，动员国人强边防敌；二是文武之士平等相待，一致抗蒙。
第一次入宫面圣，余玠便给皇帝留下了极好的印象。尤其他极力主张朝廷应该一改“重文轻武”的国策，重视武将，道：“如今称行武之人为粗人，斥责为‘哙伍’。希望陛下对文武之士一视同仁，不要有所偏重。有偏重则必会导致偏激。文武交相偏激，非国家福分。”由于外患严重，南宋王朝处于生死存亡之际，此议极符合时局需要，宋理宗称赞他所论“皆不寻常，可独当一面”。
也就是在这一年，蒙古军再度攻蜀，长驱入川，包围了南宋四川制置司所在地成都。四川制置使陈隆之坚壁不出。数日后，成都守将田世显开门投降，蒙古军突入城内，俘获陈隆之，押赴汉州，令其诏谕南宋汉州守将王夔出降。陈隆之手书“城破被执”四字，并呼谕王夔坚守，结果包括他自己在内的全家几百口都被蒙古军杀死。王夔率军驱赶火牛突围而走，汉州不攻自破，百姓惨遭蒙古军屠戮。其他各路蒙军四出抄掠，先后攻破西川地区嘉定、泸州、叙州等二十余城，穷幽极远，搜杀不遗，僵尸满野，良为寒心，史称“西州之祸”。直至十一月蒙古大汗窝阔台病死，蒙古军方才退去。
面对如此局面，南宋朝廷急需一位能担当大任者主持四川局面，宋理宗最终破格提拔了余玠，令其入蜀主持抗蒙大业，晓谕其“任责全蜀，应军行调度，权许便宜施行”。
自蒙古军攻入四川后，蜀地几成白地，宋朝将吏各专号令，犹如一盘散沙，四川形势已到了“命脉垂绝，形神俱离，仅存一缕之气息”的地步。
余玠到任后，将制置司安置在重庆府，定为四川新军政中心
端平三年（1236年），即蒙古军攻入四川腹心之地的这一年，余玠离开军中，回家乡奔丧守制，蕲州亦受到了蒙古人的进攻。余玠应地方官之召参加守城，以“弩火药箭”和“弓火药箭”等新式武器大败蒙古军。由于军功显赫，被迅疾起复，进官淮东制置司参议。未几，再进工部郎官。
蒙古军在南下反复受阻后，终于意识到水军的重要，亦在开封一带大造战船，训练水军。余玠率领一支精干水军潜入敌后，一举烧毁了蒙古军的造船设备，如此有勇有谋之举，令其名声大噪，迅疾升为淮东制置副使。
淳祐元年（1241年），余玠奉诏入觐，慷慨道：“事无大小，须是务实。”向宋理宗面陈“固本强边”二策：一是革除虚妄空谈之习，动员国人强边防敌；二是文武之士平等相待，一致抗蒙。
第一次入宫面圣，余玠便给皇帝留下了极好的印象。尤其他极力主张朝廷应该一改“重文轻武”的国策，重视武将，道：“如今称行武之人为粗人，斥责为‘哙伍’。希望陛下对文武之士一视同仁，不要有所偏重。有偏重则必会导致偏激。文武交相偏激，非国家福分。”由于外患严重，南宋王朝处于生死存亡之际，此议极符合时局需要，宋理宗称赞他所论“皆不寻常，可独当一面”。
也就是在这一年，蒙古军再度攻蜀，长驱入川，包围了南宋四川制置司所在地成都。四川制置使陈隆之坚壁不出。数日后，成都守将田世显开门投降，蒙古军突入城内，俘获陈隆之，押赴汉州，令其诏谕南宋汉州守将王夔出降。陈隆之手书“城破被执”四字，并呼谕王夔坚守，结果包括他自己在内的全家几百口都被蒙古军杀死。王夔率军驱赶火牛突围而走，汉州不攻自破，百姓惨遭蒙古军屠戮。其他各路蒙军四出抄掠，先后攻破西川地区嘉定、泸州、叙州等二十余城，穷幽极远，搜杀不遗，僵尸满野，良为寒心，史称“西州之祸”。直至十一月蒙古大汗窝阔台病死，蒙古军方才退去。
面对如此局面，南宋朝廷急需一位能担当大任者主持四川局面，宋理宗最终破格提拔了余玠，令其入蜀主持抗蒙大业，晓谕其“任责全蜀，应军行调度，权许便宜施行”。
自蒙古军攻入四川后，蜀地几成白地，宋朝将吏各专号令，犹如一盘散沙，四川形势已到了“命脉垂绝，形神俱离，仅存一缕之气息”的地步。
余玠到任后，将制置司安置在重庆府，定为四川新军政中心