隔日，沈就又下飭令，曰︰‘諸兵將變，集振武營，會盟歃血。振武營參將、中軍等十余名軍官，知而實縱之，于是斬振武營參將周強而責治營中軍官以待處分。至于其余各營參將，正副都司、游擊、副將等三十余軍官，皆有治兵不嚴、以致叛亂治罪，本當分別輕重治草，但宥其協助平亂有功，皆降職留用，以觀後效。”

    同日，又諭撫各營雲︰‘官兵有守疆衛國之責，朝廷有郊Z餉之務，今後一應餉銀概不拖欠，若有不滿可直訴經略府，本官為爾等做主。”再賜在兵亂中未動之營雙餉，軍宣各升一級。陟罰臧否，熑吮г梗�至此南京守軍之亂徹底平定。

    又令戚繼光整改南京軍隊，教其遵际胤ǎ�重振軍迹瑸獒崂m安排奠定基礎，當然這是後話。