行直接以身体同步实验，途中AGI被十一使徒入侵，并计划执行自爆系统，下午1时左右律子从ASPER传送自灭促进程式，消灭使徒。源渡对SEELE否认有入侵的事件。
——上旬某日，真嗣进行第一次机体互乘实验，结果失控。真嗣则于同日恢复意识。
——某周日，唯之忌日，真嗣与源渡到坟前拜祭。深夜，明日香与真嗣接吻；街上，美里与加持相吻定情。
——翌日，丽在本部深度地底设备中央部试验DUYSyse。地深两千八百公尺。最终教义区，加持被美里洞悉了真正身份，加持将国之门打开，看见使徒亚当，实际上是LILIH。
——月底，真嗣的同步率终于超越明日香，令明日香大怒。
……1月
——月初，第十二使徒来袭，初号机被使徒的狄拉克之海吞没，翌日清晨初号机在没有供电力情况下再起动，出现暴走状态，消灭十二使徒。
——上旬，第三新东京市伪装迎击系统完成。早上，北美第二支部消失，连带EVA肆号机、S机关及半径四十九公里的研究设施全部消灭，据知当时在进行S机关的实验。
——DUYPlug试作型开发完成。下午确认第四适格者为铃原冬二。叁号机运送至日本本部，其已被使徒寄生，叁号机起动实验发生事故，被作成十三使徒处理，初号机初次使用DUYSyse，将使徒肢解。真嗣知道第四适格者是冬二，大怒要破坏NERV，后因被提高LL浓度而昏迷，真嗣被拖出驾驶舱。
——三后，失去左脚的冬二恢复意识。真嗣离开NERV，适格者资格取消。十四使徒来袭，直接攻进GE-FRN。贰号机的双臂和头被刺飞，丽驾驶零号机抱着N爆雷自杀式攻击无效，脸被切成两半。使徒将NERV本部基本摧毁，入侵主轴往中央教条区前进发令所。真嗣回来驾驶初号机把使徒推出本部，初号机活动极限，使徒反击，初号机暴走攻击并吃掉使徒，将S机关据为己有。真嗣与初号机同步率400%，完全融于LL中，隔日救援真嗣行动展开，事后二十七日救回真嗣。不久，源渡将亚当植入右手。
——三日后，加持将内藏第二次冲击的秘密胶囊交给美里。
016年
……1月
——下旬，冬月在地下都市西区第八区失去消息，其被抓去SEELE审问，冬月被加持救回，下午，加持被枪杀身亡。谍报部认为加持是事件主谋者，美里受到侦讯。
——上旬某日，真嗣进行第一次机体互乘实验，结果失控。真嗣则于同日恢复意识。
——某周日，唯之忌日，真嗣与源渡到坟前拜祭。深夜，明日香与真嗣接吻；街上，美里与加持相吻定情。
——翌日，丽在本部深度地底设备中央部试验DUYSyse。地深两千八百公尺。最终教义区，加持被美里洞悉了真正身份，加持将国之门打开，看见使徒亚当，实际上是LILIH。
——月底，真嗣的同步率终于超越明日香，令明日香大怒。
……1月
——月初，第十二使徒来袭，初号机被使徒的狄拉克之海吞没，翌日清晨初号机在没有供电力情况下再起动，出现暴走状态，消灭十二使徒。
——上旬，第三新东京市伪装迎击系统完成。早上，北美第二支部消失，连带EVA肆号机、S机关及半径四十九公里的研究设施全部消灭，据知当时在进行S机关的实验。
——DUYPlug试作型开发完成。下午确认第四适格者为铃原冬二。叁号机运送至日本本部，其已被使徒寄生，叁号机起动实验发生事故，被作成十三使徒处理，初号机初次使用DUYSyse，将使徒肢解。真嗣知道第四适格者是冬二，大怒要破坏NERV，后因被提高LL浓度而昏迷，真嗣被拖出驾驶舱。
——三后，失去左脚的冬二恢复意识。真嗣离开NERV，适格者资格取消。十四使徒来袭，直接攻进GE-FRN。贰号机的双臂和头被刺飞，丽驾驶零号机抱着N爆雷自杀式攻击无效，脸被切成两半。使徒将NERV本部基本摧毁，入侵主轴往中央教条区前进发令所。真嗣回来驾驶初号机把使徒推出本部，初号机活动极限，使徒反击，初号机暴走攻击并吃掉使徒，将S机关据为己有。真嗣与初号机同步率400%，完全融于LL中，隔日救援真嗣行动展开，事后二十七日救回真嗣。不久，源渡将亚当植入右手。
——三日后，加持将内藏第二次冲击的秘密胶囊交给美里。
016年
……1月
——下旬，冬月在地下都市西区第八区失去消息，其被抓去SEELE审问，冬月被加持救回，下午，加持被枪杀身亡。谍报部认为加持是事件主谋者，美里受到侦讯。